Chercheurs : les idiots inutiles de la République ?

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Bruno Canard est Directeur de recherche au CNRS, à l’Université d’Aix-Marseille. Spécialiste des Coronavirus depuis 2003, il étudie les virus émergents et alerte sur les risques pandémiques depuis 1998. En 2015, juste après l’épidémie du virus Ebola, et juste avant celle du virus Zika en 2016, Il avait appelé, avec des collègues belges et néerlandais, à une meilleure anticipation scientifique et davantage de recherche sur les antiviraux.

La crise de la Covid-19 a propulsé les sciences biologiques – et plus particulièrement la virologie – sur la scène publique. Derrière la science, il y a la recherche dont elle n’est pas le synonyme, pas plus que ne l’est l’expertise. La recherche, ce n’est ni la médecine, ni l’ingénierie, ni la santé publique, ni la politique. Elle n’est pas non plus pilotable comme une entreprise. Il n’en demeure pas moins que, soudain, à rebours des images d’Épinal, ce processus de recherche est apparu, en janvier 2020, aux yeux du public, dans toute sa complexité, sa grandeur, sa misère, ses mesquineries, ses impostures et… ses trouvailles. L’aspect vital de la recherche mais aussi sa lenteur parfois vécue comme insupportable ont été mis au grand jour, jusqu’à un Président de la République se pensant et se présentant comme épidémiologiste en chef, trop heureux de faire ainsi diversion sur le sabordage de la recherche, dénoncé depuis plus d’une décennie par des chercheurs devenus inaudibles.

En 1981, il y a tout juste quarante ans, une nouvelle maladie est apparue un peu partout dans le monde. Quelques années plus tard, un nouvel agent pathogène, le Virus de l’Immunodéficience Humaine (VIH, un rétrovirus), était identifié à l’Institut Pasteur, par Françoise Barré-Sinoussi, Jean-Claude Chermann, et Luc Montagnier.

En 1985, le génome du virus était séquencé, par une équipe de jeunes chercheurs de l’Institut Pasteur : Olivier Danos, Pierre Sonigo, Marc Alizon, aidée par deux jeunes Britanniques fraichement débarqués en France, Stewart Cole et Simon Wain-Hobson. Ces deux derniers ne sont pas là par hasard, la technique de séquençage utilisée vient d’être mise au point en 1977 par Fred Sanger, lequel donnera un prix Nobel à l’Angleterre en 1980.

Revenons au VIH : quarante ans plus tard, il n’y a pas eu de vaccin, mais plus de 35 médicaments sont disponibles en près d’une centaine de combinaisons pour contrôler (mais pas éliminer) la maladie. Pas un seul de ces médicaments ne vient de France. Ni découvert, ni conçu, ni développé en France.

En 1989, un nouveau virus hépatique, autrefois identifié temporairement comme hépatite nonA-nonB, est identifié par des chercheur de l’entreprise Chiron. Sa gravité, son implication dans les cancers du foie et sa distribution dans le monde sont une mauvaise surprise pour plus de 200 millions de personnes qui se découvrent porteuses du virus. Aujourd’hui, il existe neuf traitements disponibles, dont un, le Sovaldi®, est à la base de l’élimination du virus. Dans ce cas précis, éliminer le virus, c’est diminuer très fortement l’apparition de cancer du foie. Éradiquer le virus, à terme, c’est éliminer tous les cancers du foie induits par ce virus.

Là encore, pas un seul de ces médicaments ne vient de France. Ni découvert, ni conçu, ni développé en France. Bien sûr, le Sovaldi a été co-découvert par un Français. Son parcours est très intéressant : après sa thèse en pharmacologie à Marseille au début des années 1980, il est parti aux États-Unis ; plus exactement, après avoir été brièvement chercheur à l’INSERM, il n’a pas attendu quatre ans d’ancienneté dans le grade avant de passer à l’échelon suivant et a démissionné. Aux États-Unis, en partenariat avec l’université de Montpellier et le CNRS, il a découvert la Telbivudine, un des rares médicament proposé contre l’hépatite B.

Pour l’hépatite C, le Sovaldi sera initialement proposé, en France, à 60 000 euros par patient. Le coût de la guérison, à multiplier par 200 000 personnes estimées infectées en France, sera supporté par nous tous, via la sécurité sociale après la décision de la ministre Marisol Touraine en 2016.

En 2019, un nouveau virus apparaît, celui responsable de la Covid-19, qui crée actuellement la pire crise sanitaire, économique, et sociétale depuis la deuxième guerre mondiale. Un an après, des vaccins à l’efficacité inattendue et hors normes ont été injectés plus de deux milliards de fois, 4 sont autorisés en Europe. Encore et toujours, pas un de ces vaccins ne vient de France. Ni découvert, ni conçu, ni développé en France. Bien sûr, Stéphane Bancel, PDG de Moderna, est français.

Que s’est-il passé au pays des Lumières et de Louis Pasteur ? Que s’est-il passé pour que la France ait disparu du peloton de tête des pays performants en recherche en virologie ? Depuis quand ? Comment ?

Un constat s’impose : celui des multiples fiascos français. Des fiascos longuement préparés, longuement anticipés, longuement dénoncés par une communauté de scientifiques qui n’a pas été écoutée, coupée qu’elle est de l’accès aux décideurs administratifs et politiques de notre pays.

J’entends dire « Arrêtons de nous flageller ». Sous-entendu : la France possède d’excellents chercheurs, scientifiques. La France serait « performante ». Comment qualifier ces affirmations : déni ou hasard ? La France, c’est bien connu, est un pays de râleurs. Maintenant, existe-t-il des évaluations sur le fait que ce soient ces râleurs qui fassent finalement avancer les choses ? Avons-nous tort de râler ? De vouloir mieux faire ? Avons-nous tort de vouloir étudier les faits quand ils ne sont pas flatteurs ?

Pour la crise actuelle, au-delà des difficultés d’organisation, d’anticipation, de gestion de cette crise, un constat s’impose : celui des multiples fiascos français. Des fiascos longuement préparés, longuement anticipés, longuement dénoncés par une communauté de scientifiques qui n’a pas été écoutée, coupée qu’elle est de l’accès aux décideurs administratifs et politiques de notre pays.

Fiasco du diagnostic, fiasco du séquençage, fiasco des vaccins, fiasco des médicaments : tous ces fiascos ont conduit à un changement spectaculaire de l’attitude des Français envers la science, qu’il s’agisse du positionnement de cette dernière dans la société ou de la place qui doit lui être accordée ou pas.

Un dynamitage au long cours du service public de la recherche

Il serait injuste d’accabler le seul Emmanuel Macron de ces carences béantes. Elles ont été préparées bien en amont de son arrivée au pouvoir. En réalité, la vraie rupture s’est opérée en 2008. La crise financière, l’apparition et la montée en puissance des réseaux sociaux, le « court-termisme » qui domine l’investissement de l’argent public, sa justification populiste envers le contribuable, le triplement du volume du crédit Impôt Recherche (1,5 à 4,5 milliards) ont mené à l’aveuglement sur les investissements scientifiques indispensables pour préparer l’avenir et, en particulier, pour anticiper les pandémies.

Il y a vingt ans, le programme européen SPINE (Structural Proteomics in Europe) proposait de commencer à baliser le champ des virus émergents, afin d’anticiper des résultats qui nous auraient fait gagner beaucoup de temps aujourd’hui. Déjà, au début des années 2000, nous avions reçu quelques avertissements : le virus West-Nile arrive en Amérique en 1999, en France il tue 40 chevaux en Camargue en 2001 ; le virus de Nipah est découvert en Malaisie en 1998 (265 cas, 105 morts) ; le SARS-Cov1 apparaît en 2003, etc. La décennie européenne 2000-2010 est marquée par la volonté de comprendre, par exemple, ce qu’est une Spike, comment elle fonctionne… Que sont ces programmes devenus depuis dix ans ?

Aucun des gouvernements et leurs ministres de la recherche n’ont su prendre au sérieux ni défendre ce qui s’avère aujourd’hui stratégique et essentiel : l’anticipation scientifique à dix ou vingt ans afin d’acquérir les connaissances nécessaires pour éviter de se retrouver en pleine crise à manquer de ces médicaments et vaccins.

La dégringolade française programmée et organisée commence avec Valérie Pécresse (Fillon/Sarkozy), puis Benoît Hamon et Najat Vallaud-Belkacem (Valls/Hollande) et enfin Frédérique Vidal (Philippe/Castex/Macron) : il n’y en a pas eu une ou un pour rattraper l’autre. La chasse aux fonctionnaires est l’obsession de la décennie. Rappelez-vous : la campagne électorale pour succéder à François Hollande fut dominée par des soldes à la criée sur le nombre de fonctionnaires : 200 000, 500 000 en moins, qui dit mieux ? Bruno Lemaire, François Fillon, Emmanuel Macron : c’est à celui qui en virerait le plus.

Moins de quinze ans après, et au-delà du côté aigu de la crise, les dégâts sont déjà considérables. Dans les années qui viennent, la perte d’influence et de « soft power » de la France, qui n’est pas encore ni ressentie ni évaluée, va se poursuivre. En 2000, la Chine décide d’investir massivement sur la recherche…

Science, recherche, ingénierie, médecine : sortir des confusions

Pour un gouvernement en pleine crise et au milieu du gué, un des premiers enseignements est qu’on peut s’appuyer sur la science, mais pas sur la recherche. Il est très important de faire cette distinction. Science n’est pas synonyme de recherche, pas plus que ne l’est l’expertise. Le corpus de connaissances engendrant un large consensus, c’est la science. La recherche, c’est la science en train de se faire. La recherche, avec ses disputes, ses tâtonnements, ses doutes, ses incertitudes, n’est pas encore consensuelle. L’épisode de la Chloroquine, de l’Ivermectine, de l’eau de Javel de Donald Trump ou de la poudre de perlimpinpin sont là pour nous le rappeler : la recherche produit des choses intéressantes, à confirmer par l’évaluation et la controverse, jusqu’à ce qu’il soit prouvé que les découvertes sont valides… ou pas.

Pour un gouvernement prévoyant, ayant une vision du pays plus longue qu’une échéance électorale – ce qui n’existe apparemment plus –, pour pouvoir s’appuyer sur la science, il est nécessaire de consolider la recherche.

La recherche, ce n’est pas l’ingénierie ; ce n’est pas inventer ou concevoir, c’est découvrir. La France, depuis la deuxième guerre mondiale, est un pays d’excellence pour l’ingénierie. La structuration scientifique s’est faite main dans la main avec les ingénieurs et leur organisation spécifiquement française, selon un modèle qui a fonctionné productivement pendant plus de cinquante ans. Bien sûr, il faudra réévaluer combien cette productivité a trop longtemps été découplée des enjeux fondamentaux actuels, climatiques et environnementaux en particulier.

Il faudra aussi tirer les leçons de l’ajustement de nos démocraties à ces nouveaux enjeux : les pays autoritaires (Chine, par exemple) peuvent décider du jour au lendemain d’investir massivement dans une riposte scientifique puissante. La Chine s’est équipée extrêmement rapidement de cryo-microscopes électroniques nécessaires à l’élucidation des détails moléculaires des composants du virus de la Covid-19. Nos structures d’appels à projets, de financement multi-tutelles, de renvois de balles infinis entre financeurs potentiels ont fait que notre plan d’équipement suit son cours depuis… 2016. La Chine peut construire un hôpital en quinze jours tandis que de notre côté, il faut remplir de la paperasse épuisante sur six ans.

Ce modèle, basé sur la force de nos grands corps d’État et nos ingénieurs, est-il toujours valable ? On entend souvent dire : « Ces grandes écoles que tout le monde nous envie » : il suffit d’avoir passé un peu de temps sur un campus étranger pour voir que personne ne nous les envie puisqu’elles sont quasiment inconnues. L’apparition du classement de Shanghai, qui classe la performance des universités suivant des critères principalement de recherche a été extrêmement déstabilisante et mal vécue chez nous. Le classement a mis le doigt sur notre cloisonnement Universités/Grandes écoles d’ingénieurs/Recherche dans des EPST. Vouloir rejoindre l’élite de l’enseignement Universitaire et de la Recherche alors que notre élite vient de grandes écoles d’ingénieurs montre à la fois le fossé béant du malentendu et le grand écart idéologique dont on a accusé les chercheurs universitaires.

La recherche, ce n’est pas non plus la médecine. Diagnostiquer, soigner, suivre des patients, ce n’est pas du tout pareil que de découvrir et détailler une cible du virus afin de proposer des candidats médicaments. Dépassés par l’ampleur de la crise, nos médecins ont bel et bien eu les mains vides devant les patients. Soudainement, il est apparu que l’on ne pourrait rattraper en une nuit  la lente et silencieuse déconnexion de la recherche de l’ingénierie et la médecine. Mais, plus encore, dans le cas du Covid-19, le pilier de recherche fondamentale censé soutenir l’édifice était vermoulu.

Pour créer des candidats médicaments à développer, il nous faut de la chimie médicinale, de la biochimie et de la biologie structurale. Il nous faut une recherche fondamentale forte. Le diagnostic posé à l’époque était que le transfert de la recherche ne se faisait pas correctement vers les start-up et l’entreprise. Ce diagnostic revêt certainement une part de vérité, mais une recherche asséchée, fragilisée et paupérisée n’a certainement pas arrangé les choses. Pour transférer efficacement, encore faut-il quelque chose à transférer, qu’il existe un tissu de recherche performant et en bonne santé.

De l’utilité de la recherche fondamentale

Les vaccins à ARN messager sont issus de plus de quarante ans de recherche fondamentale. Au début des année 1980, l’étude d’un petit virus qui tue des bactéries intestinales permettait de découvrir une enzyme capable de synthétiser sur mesure ces ARN messagers dans un tube à essai. En 1985, le procédé était publié, il est utilisé dans le monde entier et a permis la production en masse des vaccins chez Pfizer, Moderna, et d’autres. En 1995, le même bactériophage, dans le même laboratoire de Charles Richardson à la Faculté de médecine de Harvard, offrait la première mise à l’échelle du séquençage d’ADN à haut débit. De l’aveu de Charles Richardson lui-même, la concurrence mondiale de la recherche sur ces virus « inutiles » était très vive dans les années 1970. Hélas, en 2021, il serait extrêmement difficile de soutenir ce type de recherche, et, de fait, elle a presque totalement disparu, alors même que le nombre de nouveaux virus découverts a explosé.

En 2016, un spectaculaire et fondateur article de virologie « inutile » paraissait dans la célèbre revue britannique Nature. Dans cet article, plusieurs groupes de recherche chinois décrivaient la collecte d’arthropodes au hasard dans plusieurs régions chinoises puis l’isolement, toujours au hasard, de nouvelles séquences virales parmi ces insectes, crustacés, araignées… Cet article a fait l’effet d’une bombe : on découvrit alors une diversité virale incroyable, soit plus de 6 000 virus nouveaux identifiés d’un seul coup, confirmant l’hypothèse que nous ne connaissions qu’une partie infime de la « virosphère » et que les virus sont les microbes les plus abondants sur terre.

On ne programme pas les découvertes. Il faut accepter de laisser les chercheurs se promener sur des chemins non-balisés. Il faut accepter les rêveurs, les créatifs, les intellos, les fouineurs, les gens différents, les « zèbres ».

Mais le deuxième effet de cette bombe fut de nature différente, bien qu’il soit passé inaperçu. Ce travail de 2016 était un travail purement fondamental, sans aucune application directe, concernant des virus « inutiles » et « exotiques », pour une étude conduite par des laboratoires d’excellence chinois. Ce style de publication, il y a vingt ans, était typiquement l’apanage de laboratoires européens ou américains. Une étude de telle ampleur, qui contribuerait certainement à rehausser ses auteurs dans le classement de Shanghai, n’aurait jamais pu être réalisée en France avec les nouveaux dogmes de recherche appliquée, les partenariats public-privé, l’utilitarisme et le « pilotage » managérial à comptabilité surveillée. Pendant ce temps, les laboratoires français subissaient l’injonction contradictoire suivante : progressez dans le classement de Shanghai en publiant dans Nature mais faites-le en partenariat avec la recherche industrielle qui ne souhaite pas publier ce type de résultats pour des questions de propriété intellectuelle.
Pourtant, dans ces virus « inutiles » se cachent très probablement les nouveaux outils qui pourraient, par exemple, permettre de stabiliser les vaccins ARN messager à température ambiante.

On ne programme pas les découvertes. Il faut accepter de laisser les chercheurs se promener sur des chemins non-balisés. Il faut accepter les rêveurs, les créatifs, les intellos, les fouineurs, les gens différents, les « zèbres ».
La science est remplie d’exemples de recherche « inutile » ayant conduit à des avancées majeures. Les anticorps monoclonaux, aux applications multiples et indispensables aujourd’hui, prix Nobel 1984 pour Kohler et Milstein, sont issus d’une découverte fortuite et non programmée. CRISPR/CAS9 et son récent prix Nobel sont un exemple de plus : Emmanuelle Charpentier est française : elle est partie ailleurs non pas parce qu’elle aurait été trop taxée si elle montait une start-up (ce qui est peut-être vrai au demeurant). Non, elle est partie parce que les conditions de recherche en France ne sont pas bonnes. Point.

Je ne pense pas que la LPR, qu’un salaire de fonctionnaire même doublé ferait revenir nos exilés scientifiques. Notez bien, ce n’est pas une raison pour entériner le fait que les chercheurs sont particulièrement mal payés en France par rapport aux standards européens. Mais ils reviendront si l’université, les laboratoires de recherche, les structures de travail, les personnels techniques et administratifs, les grands équipements sont présents, soutenus et… fonctionnels.

Les scientifiques ne sont pas les « idiots utiles » d’un gouvernement, leur intégration dans les processus décisionnels est capitale, le budget de leur outil de travail ne doit pas être une variable d’ajustement et ils ne doivent plus garder le silence des agneaux.

Il existe beaucoup de misère dans la recherche, surtout pour les plus endurants, les plus motivés, les plus énergiques. Autrement dit, les jeunes, les étudiants, notre futur. Ce sont eux qui ont le moins la parole, les plus silencieux. Il y a finalement très peu de Greta Thurnberg qui osent dire les choses, parler, protester. Ils sont souvent reçus avec une grande violence. Il faut avoir vécu les CDD multiples, sans visibilité, sans garantie, les discussions pleines d’incertitude sur les bourses d’études, des situations dramatiques exacerbées par la crise Covid-19, avec des encadrants-chercheurs qui n’ont rien à leur proposer à la sortie. Des directeurs de thèse qui se mettent secrètement à espérer que leur étudiant trouvera un job dans le théâtre ou la communication s’il arrive en finale de « ma thèse en 180 secondes ». Dans ce nouveau spectacle, un doctorant explique en moins de trois minutes son sujet de thèse à un public fasciné par le one man show. Guy Debord aurait adoré un tel spectacle.

Finalement, la vraie révélation de cette crise est celle de la grande utilité et de la nécessité des scientifiques, capables d’expliquer sans relâche à toutes et tous ce que sont les R0, la protéine Spike, les variants, les vaccins…. Il y a eu beaucoup d’implication de leur part, beaucoup d’envie d’être utile, de participer, d’aider de manière libre et indépendante. Liberté et indépendance, deux mots dont on peut mesurer l’importance dans la quête sur les origines du virus, parasitée par la politique, les conflits d’intérêts et le corporatisme. Pour dire aussi qu’il est nécessaire de connecter cette recherche aux choix qui sont faits dans la société. Quelle recherche veut-on ? Quelle recherche doit-on ou ne doit-on pas faire ? Il n’y a pas de comité d’éthique précoce pour de telles évaluations et décisions de financement. Au-delà de l’économie omniprésente, quels sont les enjeux éthiques et environnementaux d’une recherche ?

Liberté et indépendance, deux mots dont peut aussi mesurer l’extrême importance dans des affaires comme celle du Médiator, du Glyphosate, des SDHI, des néonicotinoïdes, des semences enrobées de poison… la liste est longue. Qui, et au nom de quoi, impacte l’environnement de tous ? Là aussi, la science indépendante a un rôle majeur à jouer pour éviter que nous et nos enfants vivions collectivement un enfer dans un futur proche. Les scientifiques ne sont pas les « idiots utiles » d’un gouvernement, leur intégration dans les processus décisionnels est capitale, le budget de leur outil de travail ne doit pas être une variable d’ajustement et ils ne doivent plus garder le silence des agneaux.